Táto svätica pochádza z obce Laviano pri Transimenskom jazere v strednom Taliansku. Tam sa narodila r. 1247 v roľníckej rodine. Keď mala Margita osem rokov, zomrela jej matka. Otec sa oženil po druhý raz. Ale nevlastná matka sa správala tvrdo k peknému a citlivému dievčaťu.

Dorastajúca Margita sa obzerala po láske a porozumení mimo domu. A tak sa stalo, že keď mala 18 rokov, odišla s istým šľachtickým mladíkom, ktorý sa volal Arsenio, do jeho kaštieľa v mestečku Montepulciano. S týmto mladým mužom žila bez uzavretia manželstva deväť rokov a mala s ním dieťa - chlapca.

Poblúdená žena nebola spokojná so svojím životom a rozmýšľala, ako by sa mohla uchýliť niekam do samoty a robiť pokánie. Raz sa Arsenio zdržal vonku nezvyčajne dlho. Išla ho hľadať. Vedená psíkom našla v lese Arseniovu skrvavenú mŕtvolu.

Milencovo zavraždenie otriaslo Margitou a zároveň jej umožnilo rýchlo skoncovať s uplynulým životom. Bez meškania opustila montepulciansky kaštieľ a aj so svojím synkom, ktorý mohol mať vtedy okolo sedem rokov, sa vybrala do rodičovského domu. Dúfala, že ju prijmú. Ale nevlastná mať ju odmietla. Nešťastná Margita šla hľadať útulok do neďalekého mesta Cortony. Tam jej poskytla prístrešie istá žena menom Diabella. Odvtedy sa Cortona stala trvalým Margitiným bydliskom. Tamojší františkáni jej poskytovali duchovné vedenie.

V r. 1277 (podľa niektorých 1275) po troch rokoch čakania ju františkáni prijali do tretieho rádu. Medzitým vychovávala syna, ktorý sa neskôr stal františkánom. Okrem toho sa venovala dobročinnosti, zvlášť medzi chorými, pre ktorých so svojou hostiteľkou založila v júni 1278 hospitál nazvaný "Domov milosrdnej Panny Márie", ktorý jestvuje doteraz. Na udržiavanie tohto diela sa spojila s inými nábožnými ženami.

Margita celé noci strávila v modlitbách a slzách. Najradšej rozjímala o Kristovom utrpení. Boh ju navštevoval extázami, zjaveniami, videniami a inými citeľnými znakmi svojej blízkosti. Pre ňu to bolo povzbudením, aby tým úprimnejšie konala pokánie za minulý pochybený život. Spala na rohožke z vŕbového prútia alebo priamo na zemi s kusom dreva alebo kameňom pod hlavou namiesto podušky. Ostro sa bičovala. Postila sa tak, že sa uspokojila s trochou jednoduchého jedla raz za deň.

Až do r. 1288 bývala v cele (jednoduchej izbici) vedľa kostola sv. Františka. Jej duchovným vodcom bol františkán Giunta Bevignati, ktorý neskôr napísal jej životopis. Okrem pátra Bevignatiho bol jej poradcom v ťažkých prípadoch učený páter Giovanni di Castiglion Fiorentino.

V r. 1288 prešla bývať do novej cely vedľa kostola sv. Bazila. Tento kostol bol napoly zrúcaný. Margita sa pričinila o jeho znovuvybudovanie. Posledných sedem rokov života ju duchovne viedol kňaz Badia, ktorý bol správcom obnoveného kostola.

Na Boží podnet v spolupráci so spovedníkom Bevignatim sa Margita stala "kazateľkou pokoja" medzi navzájom nepriateľskými občanmi, ktorí sa delili na stranu guelfov (cisárovi stúpenci) a gibelínov (pápežská strana). Zmierenie sa podarilo dosiahnuť v rokoch 1288-1291. Podobne pomohla Margita zmieriť mesto s diecéznym biskupom.

Ale najviac jej záležalo na duševnom dobre a pokoji. Viacerým na základe nadprirodzeného poznania vyjavila tajnosti ich svedomia a tlmočila im Kristove príkazy. Medzi takýchto patrili jej spovedníci a istá Margita zo Sieny, takisto členka františkánskeho tretieho rádu. Duchovnú pomoc hľadal u nej vo februári 1289 aj "veľký a učený Florenťan". Viacerí predpokladajú, že to bol básnik Dante Alighieri, ktorý mal vtedy síce iba 24 rokov, ale už bol známy.

Posledné Margitine roky boli poznačené veľkými duchovnými zážitkami, ale aj silným telesným a duševným utrpením. Zomrela radostne a pokojne 22. februára 1297. Bol pri nej jej niekdajší spovedník páter Giunta Bevignati, ktorý prišiel zo Sieny k lôžku umierajúcej.

Pochovali ju v kostole sv. Bazila, pri ktorom bývala. V r. 1392 mesto Cortona darovalo tento kostol aj s Margitiným hrobom františkánom. Neskôr postavili na tom mieste kostol zasvätený kajúcnici, kde uchovávajú jej neporušené telo.

Pápež Lev X. v r. 1515 dovolil jej sviatok v cortonskej diecéze. Pápež Urban VIII. ho v r. 1623 rozšíril na františkánsku reholu. Napokon pápež Benedikt XIII. ju 17. mája 1728 vyhlásil za svätú.

V celocirkevnom kalendári je sv. Margita Kortonská zaradená na 22. februára. Avšak vo františkánskej reholi sa slávi 16. mája.