Sv. Agaton (Dobroslav) pochádzal zo Sicílie. Pápežom sa stal v júni r. 678. Vynikal láskavosťou a štedrosťou voči duchovenstvu. No požadoval dobré hospodárenie s cirkevným majetkom a osobne ho kontroloval.

Za svojho krátkeho pontifikátu vysvätil 18 biskupov, 10 kňazov a troch diakonov.

Musel zasiahnuť do sporu medzi canterburským arcibiskupom Teodorom a yorským biskupom Vilfridom v Anglicku. Arcibiskup svojvoľne rozdelil yorskú diecézu na štyri menšie biskupstvá, pričom jedno z nich, Lindisfarne, pridelil Vilfridovi. Keď ten protestoval proti takému postupu, arcibiskup ho pozbavil aj toho biskupstva. Biskup Vilfrid sa šiel sťažovať do Ríma, kam prišli aj arcibiskupovi legáti. Pápež Agaton dal prípad posúdiť rímskej synode, ktorá zasadala v októbri 679. Synoda pod pápežovým vedením rozhodla zmierlivo: schválila rozdelenie veľkej yorskej diecézy a súhlasila s pôvodným arcibiskupovým rozhodnutím, aby biskup Vilfrid spravoval lindisfarneské biskupstvo. Biskupovi Vilfridovi zase udelila právo vybrať biskupských kandidátov pre ostatné tri biskupstvá, ktoré boli utvorené z yorskej diecézy.

Oveľa vážnejšie bolo usporiadanie vzťahov s byzantským cisárom a východnou cirkvou.

Byzantský cisár mal v 7. stor. miestodržiteľov vo východotalianskom meste Ravenne. Dôležitosť tohto mesta a postoj cisára Konštansa II. pohli tamojších arcibiskupov Maura a Reparata (v r. 648-677) k tomu, že sa pokladali za neodvislých od rímskeho pápeža. Ale ich nástupca Teodor chcel skoncovať s týmto rozkolom. Preto prišiel na Veľkú noc 680 osobne do Ríma, aby prejavil poddanosť pápežovi a usporiadal narušené vzťahy.

V tom čase bol byzantským cisárom Konštantín IV. Pogonatos. Ten chcel ukončiť vtedajšie nedorozumenia medzi východnou a západnou cirkvou. Takisto chcel, aby sa vyriešil teologický spor o jednej či dvoch vôľach v Ježišovi Kristovi. V tomto zmysle písal v auguste 678 list pápežovi Donusovi (676 - 678). Ten však už bol mŕtvy, takže list sa dostal do rúk jeho n ástupcu Agatona.

Pápež Agaton pokladal za potrebné v tejto vážnej veci zvolať synodu západnej cirkvi. Tak sa k Veľkej noci r. 680 zišlo do Ríma 125 biskupov. Tí sa okrem zmierenia s ravenským exarchátom zaoberali formuláciou cirkevnej náuky o dvoch prirodzenostiach a dvoch vôľach v Kristovi. Synoda zvolila aj pápežských legátov na cirkevný snem, ktorý sa mal konať v Carihrade.

Legáti ta prišli 10. septembra 680. Odovzdali cisárovi Konštantínovi IV. list pápeža Agatona a dokument rímskej synody podpísaný 125 biskupmi. Cisár zvolal synodu do Carihradu. Zišlo sa na nej 150 predstaviteľov východnej cirkvi. Zasadania sa konali v kupolovitej sieni cisárskeho paláca. Predsedal cisár a pápežskí legáti. Synoda trvala od 7. novembra 680 do 16. septembra 681 a vošla do dejín ako VI. všeobecný cirkevný snem. Snem odsúdil bludnú náuku o jedinej vôli v Kristovi (monoteletizmus) a prijal vieroučnú formuláciu pápeža Agatona. Carihradský snem v nej videl "vyznanie viery písané Božou rukou; Agatonovými ústami prehovoril Peter".

Pri tejto príležitosti cisár prejavil blahosklonnosť voči pápežstvu tým, že zrušil poplatok, ktorý predtým pápeži museli odvádzať cisárovi za uznanie pápežskej voľby. No samého nároku na uznanie voľby sa byzantský cisár zriekol až v r. 685.

Pápež Agaton nadviazal styky aj s Chorvátmi. Títo uzavreli so Svätou stolicou zmluvu, v ktorej sa zaviazali, že nezaujmú cudziu zem a že budú nažívať v pokoji so všetkými, ktorí budú chcieť, aby dosiahli Pánovo požehnanie a ochranu apoštola Petra.

Počas trvania carihradského koncilu vypukol v Ríme mor, aký nemal pamätníka. Ľudia zomierali hromadne tak, že ich vynášali aj po dvoch naraz z jedného domu. Počas epidémie zomrel aj pápež Agaton 10. januára 681.