Pochádzal z bavorskej vojvodskej rodiny. Narodil sa roku 973. Vychovávali ho poprední duchovní (regensburský biskup Wolfgang a opát Ramwold), a to spolu so sestrou Gizelou, ktorá sa stala manželkou uhorského kráľa sv. Štefana a uctieva sa ako blahoslavená.

Po otcovej smrti sa Henrich stal roku 995 bavorským vojvodom. A keď roku 1002 predčasne zomrel mladý cisár Otto III., Henricha zvolili za nemeckého kráľa ako posledného potomka saského panovníckeho rodu. Niektoré vplyvné kniežatá neboli spokojné s jeho voľbou. Ale Henrich si v pomerne krátkom čase ôsmich mesiacov získal všetkých svojím rozvážnym, a pritom cieľavedomým a rozhodným počínaním.

Väčšie ťažkosti mal s vonkajšími nepriateľmi, najmä s poľským kniežaťom Boleslavom Chrabrým. Skoro po nastúpení na nemecký trón začal s ním dlhý boj, ktorý trval so striedavými úspechmi až do roku 1018. V tejto vojne proti kresťanskému Boleslavovi sa Henrich spojil s pohanskými Ljuticmi a Redarmi, čo mu mnohí vyčítali.

Počas svojej vlády uskutočnil Henrich tri výpravy do Itálie. Prvú viedol roku 1004 proti Arduinovi z Ivrey, ktorý si robil nároky na longobardskú kráľovskú korunu. Henrich porazil Arduina pri Pávii a dal sa korunovať za kráľa Itálie. Pri druhej výprave prišiel roku 1014 do Ríma, kde pomohol pápežovi Benediktovi VIII. usporiadať pomery a prijal od neho cisársku korunu spolu s manželkou Kunigundou. Tretí raz tiahol roku 1022 do južnej Itálie, aby tam na žiadosť Benedikta VIII. potlačil vzburu Grékov proti pápežským lénnym právam. Pri tejto príležitosti navštívil slávny benediktínsky kláštor Montecassino, kde dosiahol náhle podivuhodné uzdravenie z ťažkej obličkovej choroby.

Nemeckí cisári mali v tých časoch titul "cisár Svätej rímskej ríše", a preto sa pokladali za ochrancov pápežstva a Cirkvi. Tým sa vysvetlia ich časté zásahy do cirkevných vecí. Iste to nebol žiadúci stav, čo sa ukázalo najmä neskôr, keď nastúpili na nemecký trón Cirkvi neprajní panovníci. Ale kým boli na cisárskom tróne kresťansky cítiaci vladári, ako boli Henrichovi predchodcovia a on sám, ich zásahy boli vo väčšine, aj keď nie vždy, na osoh Cirkvi. Tak bolo vo veľkej väčšine šťastné Henrichovo obsadzovanie uvoľnených biskupských miest v Nemecku a Itálii. Pre zlepšenie cirkevnej organizácie obnovil merseburské biskupstvo a založil bamberské, ktoré sa malo stať strediskom misijnej činnosti. Cisár dozeral i na to, aby neboli veľké rozdiely v hmotnom zabezpečení biskupstiev. Priveľmi bohatým diecézam odoberal nadmerné majetky, kým chudobné zasa obdarúval. Bol presvedčený o potrebe mníšskej reformy v kláštoroch a účinne ju podporoval.

Pri podporovaní cirkevných ustanovizní výdatne pomáhala cisárovi jeho nábožná manželka Kunigunda (Kunhuta), ktorá sa v Cirkvi uctieva ako svätá. Ich manželstvo bolo usporiadané, ale ostalo bezdetné, a to pravdepodobne pre cisárove zdravotné ťažkosti. Niektoré životopisy síce hovoria o dobrovoľnej zdržanlivosti cisárskych manželov, ale vážni historici pokladajú tento dôvod za legendárny.

Cisár Henrich II. zomrel náhle 13. júla 1024 v Grone pri Göttingene. Pochovali ho v bamberskom Dóme. Pápež Eugen III. ho vyhlásil roku 1146 za svätého.