Tento svätec nesie viaceré znaky svojej doby. Tak si nezvolil duchovný stav v dospelom veku, ale bol preň vychovaný už od detstva. Pochádzal z Ríma a tam aj prešiel všetky stupne duchovnej služby. Po smrti pápeža Leva II. (3. júla 683) zvolili Benedikta za jeho nástupcu. Ale keďže vtedy si byzantský cisár nárokoval právo potvrdzovať pápežskú voľbu, nový pápež musel čakať až do 26. júna 684, kedy prišiel cisárov oneskorený súhlas.

Benedikt II. bol skromný, láskavý a veľkodušný, takže dobre vychádzal s ľuďmi. Za krátky čas svojho pontifikátu si naklonil aj cisára Konštantína I. Pogonata (668-685). Ten delegoval schvaľovacie právo ravennskému exarchovi v Itálii, aby sa ďalší pápeži neoneskorovali v nastúpení do svojho úradu.

Prostredníctvom pápežského notára Petra dosiahol súhlas vizigótskych biskupov v Španielsku s rozhodnutiami VI. všeobecného cirkevného snemu, ktorý sa konal v r. 680-681 v Carihrade. Menej úspešný bol pri riešení cirkevných konfliktov s anglickým panovníkom.

V Ríme obnovil niektoré kostoly a zabezpečil pravidelnú plácu duchovným, rehoľníkom a laikom v cirkevných službách.

Zomrel 8. mája 685. Pochovali ho v chráme sv. Petra.