O dátume narodenia a detstve sv. Jána Nepomuckého nemáme nijaký historický doklad. Podľa údajov z jeho neskoršieho života možno predpokladať, že sa narodil niekedy okolo roku 1350, a to v obci Pomuk v juhozápadných Čechách. Preto by sa mal nazývať Pomucký. Prímenie Nepomucký vzniklo neskorším chybným čítaním starého latinského výrazu DE POMUK (Pomucký), z ktorého sa utvorilo NEPOMUK (Nepomucký).

Priame historické dokumenty o ňom sa zjavujú od roku 1370, keď vyhotovuje a podpisuje úradné listiny ako verejný notár v kancelárii pražského arcibiskupa. Ján sa na týchto listinách podpisuje ako "syn Welflína z Pomuku, klerik pražskej diecézy, z cisárskej autority verejný notár".

Historici z niektorých náznakov usudzujú, že jeho otec bol pôvodom Nemec a že bol starostom (richtárom) obce Pomuk.

Ján Nepomucký bol notárom na generálnom vikariáte pražského arcibiskupstva až do roku 1380. Pravdepodobne koncom toho roku bol vysvätený za kňaza a stal sa farárom v pražskom kostole sv. Havla.

V tom čase sa dal aj na štúdium cirkevného práva. Roku 1381 dosiahol bakalarát (nižší akademický stupeň) na pražskej univerzite. Na ďalšie štúdium odišiel do Talianska na známu padovskú univerzitu, kde bol roku 1386 rektorom zaalpských študentov a kde roku 1387 dosiahol aj doktorát cirkevného práva.

Po návrate do Prahy sa stal kanonikom kolegiátneho kostola sv. Egida (čes. Jiljí) a neskôr kanonikom vyšehradskej kapituly.

V tom čase sa veľmi zhoršoval vzťah medzi českým kráľom Václavom IV. a pražským arcibiskupom Jánom z Jenštejna.

Kráľ Václav bol synom cisára Karola IV. Po otcovi zdedil českú korunu a nemeckú kráľovskú korunu a sčasti aj inteligenciu. No chýbala mu rozvážna múdrosť a ušľachtilosť jeho veľkého otca. Navyše bol mravne slabý, ľahko podliehal náladám a intrigám bezcharakterných obľúbencov, ktorí ho obklopovali. Na uspokojenie svojich chúťok a ambícií svojich obľúbencov kráľ neváhal porušiť i základné kresťanské zásady a cirkevné predpisy.

A naopak, vtedajší pražský arcibiskup Ján z Jenštejna bol horlivý a Cirkvi oddaný arcipastier, ktorý sa usiloval odstrániť rozličné mravné a právne nedostatky v Čechách. Vo svojej - niekedy azda málo taktnej - horlivosti neváhal vystúpiť i proti kráľovi a jeho pobočníkom. Tak vzniklo napätie, ktoré sa kráľovou despotickou neústupčivosťou stále stupňovalo.

V takejto situácii opustili arcibiskupa niektorí blízki spolupracovníci, ktorí sa obávali ďalšieho vývoja udalostí. Medzi nimi bol aj generálny vikár Kuneš z Třebovle, ktorý odišiel z arcibiskupského úradu v septembri roku 1389. Arcibiskup vymenoval na jeho miesto kanonika a doktora cirkevného práva Jána z Pomuku, ktorého bezúhonný charakter a vernosť v cirkevnej službe poznal už od čias jeho notárstva.

Napätie medzi kráľom a arcibiskupom silne vzrástlo najmä na jeseň 1392, ked' arcibiskup prostredníctvom svojich vikárov Jána z Pomuku a Mikuláša Puchníka žiadal mocného kráľovho obľúbenca, podkomorníka Žigmunda Hulera, aby sa zodpovedal z podozrenia bludu a z násilností, ktorých sa dopustil proti pražským klerikom. Podkomorník (táto funkcia zodpovedá terajšiemu ministrovi financií) nielenže neposlúchol arcibiskupovu výzvu, ale pohrozil, že ak príde, vezme si so sebou dvesto kopijníkov. Nato arcibiskup Hulera exkomunikoval, to jest vylúčil z Cirkvi.

Kráľa tento krok veľmi pobúril a spolu s vernými duchovnými hľadal možnosť, ako oslabiť arcibiskupovu moc a vplyv. Jednou z takýchto možností bolo rozdelenie veľkého pražského arcibiskupstva utvorením nového biskupstva. Základom novej diecézy malo byť veľké benediktínske opátstvo Kladruby v západných Čechách. Tamojší opát Racek bol už veľmi starý; jeho smrť by bola vhodnou príležitosťou na chystanú premenu opátstva na biskupstvo.

Benediktínsky opát Racek naozaj skoro zomrel, azda už v januári 1393. Ale prv ako mohol kráľ zasiahnuť, benediktíni si zvolili nového opáta Olena (Odila) a predložili arcibiskupovi protokol o voľbe na potvrdenie. Arcibiskup určil, dokedy bolo možné proti voľbe podať námietky. Keďže v určenej lehote nik takéto námietky nepodal, dňa 10. marca 1393 arcibiskupov generálny vikár Ján z Pomuku potvrdil v prítomnosti nového opáta a svedkov platnosť voľby. Originál úradného záznamu dostal opát Olen, no tento text sa zapísal i do konfirmačných kníh generálneho vikariátu.

Kráľ Václav sa v tom čase zdržiaval mimo Prahy a dozvedel sa o všetkom, až keď bol cirkevnoprávny akt potvrdenia voľby opáta uzavretý. To ho tak rozzúrilo, že sa verejne vyhrážal arcibiskupovi a jeho úradníkom smrťou.

Ján z Pomuku ešte 14. marca úradoval. Azda v ten deň večer alebo na druhý deň ráno sa dozvedel o kráľovej hrozbe. Rozhodol sa spolu s arcibiskupovým oficiálom Mikulášom Puchníkom a inými úradníkmi odísť na arcibiskupov hrad v Roudnici, kam sa arcibiskup uchýlil už predtým.

Keď kráľ prišiel do Prahy, našiel arcibiskupovo sídlo prázdne. Poslal teda niektorých členov svojej rady do Roudnice, aby prehovorili arcibiskupa na návrat do Prahy. Arcibiskup spočiatku nechcel odísť, ale na radu svojich vikárov sa vydal spolu s nimi na cestu. Po príchode do Prahy sa stretli 19. marca kráľovskí a arcibiskupovi radcovia, aby na kráľovu žiadosť hľadali východisko z kritickej situácie. Zdá sa, že na obidvoch stranách bolo vážne úsilie o zmierlivé riešenie sporných otázok. Dosiahla sa dohoda v niektorých dôležitých bodoch, najmä pokiaľ išlo o podmienky cirkevnej rehabilitácie Žigmunda Hulera. Na druhý deň mala byť dohoda schválená pri osobnom stretnutí kráľa s arcibiskupom.

Stretnutie sa uskutočnilo vo štvrtok 20. marca ráno na otvorenom priestranstve pri Mosteckej veži na ľavom brehu rieky Vltavy. Arcibiskup Jenštejn prišiel v sprievode generálnych vikárov Jána z Pomuku a Mikuláša Puchníka, s meissenským prepoštom Václavom Knoblochom a s viacerými ďalšími duchovnými i laikmi. Kráľ prišiel so svojimi radcami a so skupinou ozbrojencov.

Arcibiskup využil túto príležitosť ešte raz požiadal kráľa, aby neveril falošným správam, namiereným proti nemu a jeho spolupracovníkom. Kráľa táto pripomienka rozzúrila. Začal nadávať a rozkázal zatknúť štyroch najbližších arcibiskupových spolupracovníkov: vikárov Jána z Pomuku a Mikuláša Puchníka, prepošta Václava Knoblocha a arcibiskupovho hofmajstra Něpra.

Či chcel kráľ zajať aj arcibiskupa, nie je jasné. Je iba isté, že arcibiskup, obklopený svojou družinou, odišiel do svojho sídla. No v Prahe sa zdržal po tejto udalosti iba krátko. Odišiel do Talianska, aby podal pápežovi správu o tom, čo sa v Čechách robí.

Kráľovi zbrojnoši viedli zajatých prelátov do kapitulnej siene na pražskom Hrade. Tam kráľ vypočúval dekana kapituly Bohuslava z Krnova, ktorý bol profesorom cirkevného práva na pražskej univerzite. O výsluchu nevieme nič bližšie, ibaže kráľ niekoľko ráz udrel starého dekana rukoväťou meča po hlave. Zakrvaveného dekana napokon odviedli do domu pražského kastelána, odkiaľ sa čoskoro dostal na slobodu.

Kráľov záujem sa teraz sústredil na uväznených arcibiskupových spolupracovníkov. Dal ich odviesť z hradu na staromestskú radnicu, kde bol ďalší výsluch. Jeho výsledkom bolo oslobodenie hofmajstra Něpra a odvedenie ostatných troch do mučiarne súdneho domu. V poslednej chvíli upustili od mučenia prepošta Knoblocha, hoci už bol natiahnutý na škripec. Ostali dvaja generálni vikári: Mikuláš Puchník a Ján z Pomuku.

Obidvoch natiahli na škripec a pálili ich fakľami. Kráľova zlosť sa sústredila na Jána z Pomuku. Sám chytil fakľu a neuspokojil sa, kým celkom neprepálil nešťastnému vikárovi bok. Z celého kráľovho postupu vidieť, že popri túžbe pomstiť sa chcel sa za každú cenu dozvedieť čosi, čo ho zvlášť zaujímalo. Zo zachovaných dokumentov sa nedá zistiť, čo sa vypytoval kráľ na staromestskej radnici a v mučiarni súdneho domu. Očití svedkovia Václav Knobloch a Mikuláš Puchník, ktorí Jána prežili, sa museli prísažne zaviazať, že nič neprezradia. A vo vlastnom záujme mali dosť dôvodov na to, aby dodržali prísahu až do smrti. Boli tam však prítomní aj mučitelia, prípadne iné osoby, z ktorých niekto mohol časom aspoň nepriamo prezradiť, čo chcel kráľ krutým vyšetrovaním zistiť. Faktom ostáva, že medzi ľudom sa rozšírila mienka, že kráľ sa chcel od vikára Jána z Pomuku dozvedieť niečo, Čo mu kráľovná mohla prezradiť pod pečaťou spovedného tajomstva.

Nech už čokoľvek bolo predmetom výsluchu, je isté, že kráľ sa od Jána nedozvedel, čo chcel. No arcibiskupov vikár musel toto mlčanie zaplatiť životom. Kým jeho spoločníkov prepustili na slobodu, jeho polomŕtveho vyvliekli na Karlov most a odtiaľ ho zviazaného hodili do rieky Vltavy. Bol štvrtok 20. marca 1393 okolo deviatej hodiny večer.

Podľa Zlatokorunskej latinskej kroniky z polovice 15. storočia bolo Jánovo telo v rieke do 17. apríla. Vtedy ho vylovili a prechodne pochovali v blízkom kostole sv. Kríža. Neskôr ho preniesli do svätovítskej katedrály, kde ho pochovali v pravej bočnej lodi. Zachovaný svätovítsky zoznam bohoslužieb z roku 1416 uvádza už presné označenie hrobu Jána z Pomuku vo svätovítskom chráme. Prenesenie pozostatkov sa mohlo však uskutočniť už dávnejšie predtým. Podľa mienky viacerých historikov to bolo pravdepodobne roku 1396, keď' sa politické a cirkevné pomery v krajine trocha upokojili. V tom roku aj Jánov spolutrpiteľ prelát Mikuláš Puchník založil omšovú základinu za svojho zavraždeného spolupracovníka.

Jána z Pomuku hneď po smrtí mnohí pokladali za mučeníka v plnom zmysle slova. Arcibiskup Ján z Jenštejna v spise, v ktorom podáva (v júli 1393) pápežovi Bonifácovi IX. správu o cirkevnej situácii v Čechách, nazýva svojho zabitého vikára martyr sanctus - svätý mučeník. Arcibiskupov životopisec Peter Klarifikátor sa v životopise Jána z Jenštejna (v roku 1400-1403) zmieňuje aj o smrti arcibiskupovho generálneho vikára Jána z Pomuku. Nazýva ho Božím mučeníkom a uvádza, že sa po jeho smrti stali zázraky.

Ludolf z Eynbecku, opát augustiniánskeho kláštora v Zaháni v Sliezsku, v kronikárskom diele Catalogus abbatum Saganensium (Zoznam zahánskych opátov) z roku 1398 hovorí o Jánovi z Pomuku v súvislosti s kritikou kráľa Václava IV. Pri vypočítavaní kráľových násilností hovorí: "Okrem iného utopil vo vode toho ctihodného muža, milého Bohu a ľuďom, milovaného Nemcami i Čechmi, pána Jána, kňaza, vikára pána pražského arcibiskupa v duchovných záležitostiach, doktora cirkevného práva, ukrutne zmučeného, popáleného, až mu vyšli vnútornosti..."

Tzv. Česká kronika, ktorá zachytáva udalosti z rokov 1348-1411 a najstarší rukopis Starých letopisov českých dávajú do spojitosti s utopením arcibiskupovho vikára, "slávneho doktora Johánka", takmer úplné vyschnutie rieky Vltavy, zapríčinené katastrofálnou suchotou roku 1393.

O Jánovi z Pomuku ako mučeníkovi spovedného tajomstva sa zachovala najstaršia písomná zmienka v spise rakúskeho historika Tomáša Ebendorfera Chronica regum romanorum. Ebendorfer sa mohol rozličné veci dozvedieť priamo v Prahe, kde bol v rokoch 1433 a 1434 ako jeden z vyslancov Bazilejského cirkevného snemu. Tomu by nasvedčovali jeho slová "ako sa vraví".

Celý ďalší vývoj úcty k utopenému vikárovi dosvedčuje, že v ľudovej tradícii sa vyzdvihovalo práve spovedné tajomstvo ako hlavný dôvod smrti Jána Pomuckého-Nepomuckého. Tento dôvod sa napokon dostal i do veľkých životopisov a do pápežskej buly svätorečenia z roku 1729.

Husitské vojny a neusporiadané cirkevné pomery po nich neboli priaznivé pre rozvoj kultu svätých v Čechách. No aj tak sa zachovali historické svedectvá o nepretržitej úcte k Jánovi z Pomuku.

Kroniky z polovice 15. stor. hovoria o zvláštnej ochrannej mreži okolo jeho hrobu. Na konci 15. stor. sa nachádza vo svätovítskom inventári votívny kalich s nápisom In honorem beati Joannis Pomuk - Na česť blahoslaveného Jána Pomuka. V polovici 16. stor. dávajú okolo jeho hrobu novú ozdobnú mrežu s latinsko-českým nápisom, v ktorom sa označuje Ján ako mučeník spovedného tajomstva, ale s chybným rokom smrti 1383. Tento chybný údaj sa vyskytol už roku 1480 v záznamoch dekana pražskej metropolitnej kapituly Jána z Krumlova a prispel k nejasnostiam a sporom okolo osoby sv. Jána Nepomuckého.

Zmätok okolo mučeníkovej osoby dovŕšil roku 1541 český kronikár Václav Hájek z Libočan, ktorý dva rozličné dátumy smrti, jej dve rozličné príčiny a dve podoby mučeníkovho mena vysvetľoval tak, že išlo o dvoch rozličných ľudí. Podľa neho jestvoval spovedník kráľovnej Ján Nepomucký, ktorý bol utopený ako obeť spovedného tajomstva roku 1383, a pražský generálny vikár Ján z Pomuku (Pomucký), ktorý bol utopený roku 1393 za to, že proti kráľovej vôli potvrdil voľbu kladrubského opáta.

Úcta k pražskému mučeníkovi vzrástla od druhej polovice 16. stor., keď po 140-ročnom osihotení bol znovu obsadený pražský arcibiskupský stolec. Postupne vznikli rozličné maľby, sochy a veľké životopisy, ktoré už jednoznačne uvádzali Jána Nepomuckého ako mučeníka spovedného tajomstva, s chybným rokom smrti 1383. Na žiadosť pražských arcibiskupov a rakúskych panovníkov sa začal v Ríme kanonizačný proces, na základe ktorého bol Ján Nepomucký vyhlásený roku 1720 za blahoslaveného a roku 1729 za svätého. Životopisné údaje boli prevzaté zo životopisu, ktorý napísal roku 1680 český jezuita Bohuslav Balbín a kde Ján Nepomucký vystupuje ako mučeník spovedného tajomstva, utopený vo Vltave roku 1383.

V súvislosti s procesom svätorečenia bol 15. apríla 1719 otvorený mučeníkov hrob a vykonaná prehliadka jeho telesných pozostatkov. Všetko sa robilo v prítomnosti úradnej komisie, v ktorej okrem iných svedkov a odborníkov bolo i päť významných lekárov. Pri vyberaní kostí z hrobu a pri ich ukladaní na bielo prestretý stôl vypadol z lebky hlinou obalený kus hmoty. Po jeho očistení a narezaní nožom prítomní lekári vyhlásili, že je to dobre zachovaný ľudský jazyk. Relikviu uložili do strieborného puzdra. Pri opakovanej prehliadke telesných pozostatkov 27. januára 1725 zistili, že sa jazyk medzičasom zosušil a nadobudol šedohnedú farbu. Po vyňatí zo schránky však v prítomnosti 19 úradných svedkov pomaly znova asi do troch štvrtín navrel a získal sviežu purpurovú farbu ako pri prvom náleze. Jazyk uložili do zvláštneho relikviára, kde bol predmetom úcty veriacich.

Katolíci v Čechách prijali s veľkým nadšením svätorečenie svojho rodáka, ktorého si uctievali rozličným spôsobom už tri storočia. Úcta nepomuckého svätca sa veľmi rozšírila i v okolitých krajinách. No nechýbali ani kritici tejto úcty. Boli to predovšetkým protikatolícky zameraní reformátori, ako aj katolícki osvietenci, ktorí z minulosti uvádzali iba to, čo sa dalo dokázať pôvodnými historickými dokumentmi.

Osoba Jána Pomuckého-Nepomuckého zvlášť zaujímala katolíckych i nekatolíckych historikov, ktorí jej venovali veľa štúdií. V nich sa usilovali osvetliť nejasnosti a protirečenia, ktoré sa počas stáročí nakopili okolo pražského mučeníka. Podarilo sa však odstrániť iba rozdvojenie jeho osoby.

Roku 1747 pražský augustinián P. Athanasius Eliáš Sandrich vydal dejepisnú štúdiu Dissertatio historico-chronologico-critica, v ktorej dôvodil, že utopený generálny vikár Ján z Pomuku a utopený obhajca spovedného tajomstva Ján Nepomucký je jedna a tá istá osoba. Jeho mienku potvrdilo o niekoľko rokov nájdenie cenných historických dokumentov. Tak roku 1752 prefekt vatikánskej knižnice Jozef Šimon Assemani objavil zápis žaloby proti kráľovi Václavovi IV., v ktorej pražský arcibiskup Ján z Jenštejna okrem iného opisuje aj smrť svojho vikára Jána z Pomuku, a to štyri mesiace po tejto udalosti, v júli 1393. Assemani dal urobiť opis dokumentu a poslal ho do Prahy. Roku 1793 český osvietenský historik Jozef Dobrovský objavil životopis Jána z Jenštejna, napísaný Petrom Klarifikátorom v rokoch 1400-1403. Arcibiskupov životopisec vo svojom diele spomína i mučenie Jána z Pomuku a zázraky, ktoré sa stali po jeho smrti.

Po vyhodnotení obidvoch uvedených dokumentov a po ich porovnaní s ostatnými historickými dokladmi prišli historici k jednoznačnému záveru: jestvoval iba jeden Ján z Pomuku, nazývaný neskôr Nepomucký, ktorý bol generálnym vikárom pražského arcibiskupa Jána z Jenštejna a pre obranu cirkevných práv bol na rozkaz kráľa Václava IV. utopený vo Vltave večer 20. marca 1393.

Ako si však vysvetliť všeobecne rozšírenú mienku o zachovaní spovedného tajomstva, ktorá napokon prevládla vo svätojánskej úcte?

Niektorí historici sa usilovali zjednodušiť vyriešenie celej otázky tým, že odmietali zmienku o spovednom tajomstve ako historicky nepodloženú ľudovú legendu. A treba pripustiť, že na potvrdenie tohto ľudového podania nemáme naozaj nijaké priame historické doklady. No pri utváraní konečného úsudku musíme byť obozretní, lebo jestvujú historicky overené skutočnosti, ktoré nielenže nevylučujú, ale naopak, podporujú chýr o spovednom tajomstve.

Jednou z takýchto dôležitých skutočností bol vzťah kráľa Václava IV. ku kráľovnej Žofii, ktorá pochádzala z bavorského kniežacieho rodu.

Václav sa oženil so Žofiou roku 1389, teda v tom istom roku, ako sa Ján z Pomuku stal generálnym vikárom. Bolo to už druhé kráľovo manželstvo. Prvá Václavova manželka Jana (takisto z bavorského rodu) tragicky zomrela roku 1386. Údajne ju roztrhal kráľov poľovný pes. Václavovo spolužitie s druhou manželkou Žofiou nebolo šťastné. Kráľ bol často na cestách alebo na poľovačkách a pekná mladá kráľovná sa usilovala odháňať pocit opustenosti zábavami na pražskom Hrade. Nečudo, že sa šírili chýry o jej nevernosti kráľovi, a ak boli pravdivé, nebola to iba jej vina.

Sú vážne dôvody domnievať sa, že Václav nemal Žofiu rád a chcel sa jej zbaviť. Jedným z takýchto dôvodov bolo odďaľovanie jej korunovácie. Korunovácia kráľovnej sa normálne konala krátko po uzavretí manželstva s kráľom. V tomto prípade však Václav IV. odkladal celých jedenásť rokov korunováciu Žofie. Je to v dejinách ojedinelý a normálne nevysvetliteľný prípad. Korunovácia Žofie sa konala až roku 1400, keď sa už pripravovalo Václavovo zosadenie z ríšskeho trónu. Je nápadné, že sám Václav sa na slávnosti nezúčastnil, hoci bol v tom čase v Prahe.

Počas jedenástich rokov odkladanej korunovácie kráľ Václav nedovolil manželke Žofii spravovať majetky, ktoré patrili do vena českej kráľovnej, ba nedovolil jej vykonávať ani jej patriace patronátne práva.

Zaujímavým dokumentom, ktorý osvetľuje kráľov pomer k Žofii, je zachovaný dôverný list avignonského cirkevného diplomata (v službách protipápeža Klementa VII.) Henricha Baylera. List je z januára 1391 a informuje salzburského arcibiskupa Pilgrima o vyjednávaní kráľa Václava s aragónskym kráľom Jánom o možnosti manželstva aragónskej princeznej Jany s Václavovým bratom Prokopom, ktorý bol moravským markgrófom. Bayler v liste arcibiskupovi okrem iného píše: "A musím vám prísne dôverne oznámiť čosi iné: bolo nám totiž naznačené, že rímsky kráľ (t. j. Václav IV.) by sám chcel mať onú dcéru pre seba, a inú, ktorú má, by chcel prepustiť. O tom sa tajne informujte, aby sme neboli oklamaní..." Aragónska princezná sa napokon nevydala do strednej Európy, kde sa o ňu zaujímal aj rakúsky vojvoda Wilhelm, ale stala sa manželkou francúzskeho grófa de Foix. No list Henricha Baylera ostáva cenným dokumentom na lepšie pochopenie záhad okolo manželstva kráľa Václava IV.

V súvislosti s kráľovým odporom voči Žofii sa ľahšie dajú vysvetliť aj viaceré kresby z čias Václava IV., ktoré predstavujú kráľa ako milenca kúpeľníčky označovanej na obrazoch písmenom "E". Pokus vysvetliť tieto kresby ako symbol ľúbostného vzťahu kráľa k manželke neobstojí, lebo je dostatočne známe, že tento vzťah nebol dobrý. Okrem toho ani meno kráľovnej sa nezačínalo písmenom "E". Vtedy používané podoby jej mena boli: Sophia (lat.), Offney, Offimia (nem.), Žofie, Žofka, Ofka (čes.). Na maľbách išlo zrejme o inú ženu, ku ktorej mal kráľ ľúbostný vzťah a ktorej meno sa začínalo písmenom "E".

Je pochopiteľné, že takýto stav nemohol byť Žofii ľahostajný. Už odmietanie jej korunovácie a obmedzovanie jej práv mohlo byť pre ňu dostatočným dôkazom, že kráľ s ňou v ďalšom spolužití neráta, ale že sa jej chce zbaviť. Kráľ mohol použiť svoje postavenie a moc, aby ovplyvnil rozhodnutie prípadného cirkevného súdu, ktorý by rokoval o možnosti manželskej odluky, prípadne rozvodu, pričom by sa vina pripísala kráľovej manželke.

Žofia sotva čakala na takýto prípad nepripravená. Naopak, je veľmi pravdepodobné, že hľadala pomoc u tých, u ktorých ju mohla očakávať. Nemohla sa obrátiť na prelátov, ktorí obklopovali kráľa a usilovali sa mu vo všetkom vyhovieť. Najideálnejšou osobou, od ktorej mohla očakávať porozumenie a pomoc, bol práve Ján z Pomuku.

Ján zastával jednu z najvyšších cirkevných funkcií v krajine a mohol priamo zasiahnuť do súdneho procesu o jej manželstve. Ako skúsený odborník cirkevného práva jej mohol poskytnúť cenné rady, ako si má aj mimo súdu brániť manželské práva proti kráľovým intrigám. Mohla sa naňho obrátiť s tým väčšou dôverou, lebo vedela, že nepatrí medzi kráľových obľúbencov. Okrem toho Ján dobre ovládal už z rodičovského domu jej rodnú reč - nemčinu.

No i keby všetky tieto pravdepodobné predpoklady zodpovedali skutočnosti, arcibiskupov generálny vikár by nebol jej riadnym spovedníkom, ale skôr dôverným poradcom, či už v spovedi alebo mimo nej.

Takto by sa dalo aj ľahšie pochopiť, prečo kráľ viac ráz vypočúval arcibiskupových hodnostárov a prečo sa napokon zameral na Jána z Pomuku.

Záverom môžeme opakovať, že nemáme priame historické dôkazy o tom, že by Ján z Pomuku-Nepomucký zomrel ako mučeník spovedného tajomstva. Máme však dosť dôvodov na to, aby sme neodmietli túto možnosť, v prospech ktorej hovoria viaceré vážne historické okolnosti. V každom prípade však môžeme uctievať sv. Jána Nepomuckého ako mučeníka, aj keby bol zabitý iba za to, že bránil záujmy Cirkvi proti svojvôli kráľa Václava IV.