Pochádzala z českého kráľovského rodu Přemyslovcov. Preto ju nazývali aj Agnesa (Anežka) Přemyslovna alebo Agnesa Pražská. Jej otcom bol kráľ Přemysl Otakar I.; jej matka Konštancia pochádzala z uhorského kráľovského rodu Arpádovcov.

Přemysl Otakar mal od dvoch manželiek (Konštancia bola jeho druhá žena) trinásť detí, z ktorých dve zomreli v detskom veku. Z ostatných boli štyria chlapci a sedem dievčat. Agnesa bola najmladšia.

V tých časoch dcéry kniežat a panovníkov obyčajne nerozhodovali o svojom osude. Ich otec ich používal ako prostriedok na upevnenie mocenských zväzkov. Sobáš princezien v istom zmysle nahradzoval politické zmluvy. Mocipáni zasnubovali svoje dcéry už v detskom veku a po zasnúbení ich posielali na dvor nádejného manžela, aby sa tam naučili tamojšiu reč a tamojší spôsob života.

Tomuto údelu neušla ani najmladšia dcéra Přemysla Otakara I. Keď mala tri roky, otec ju poslal s hodne (o 8-9 rokov) staršou sestrou Annou na sliezsky kniežací dvor Henricha I. a jeho manželky sv. Hedvigy ako snúbenice dvoch kniežacích synov. Kniežatá dávali vychovávať budúce manželky svojich synov často do ženských kláštorov, ktoré boli vtedy strediskami ženskej vzdelanosti. Tak Agnesu a Annu vychovávali cisterciánske mníšky v sliezskom kláštore v Trzebnici. Anna sa po dvoch rokoch (r. 1216) vydala za kniežacieho syna Henricha II. Pobožného. Agnesa si mala vziať jeho mladšieho brata.

Ale Agnesin snúbenec už o rok zomrel. Preto sa vrátila domov. Otec ju dal na ďalšiu výchovu do kláštora premonštrátiek v Doksanoch pri Litoměřiciach, kde sa pripravovali do života viaceré šľachtické dcéry. Agnesa tam strávila sotva dva roky, keď mal s ňou otec nový plán. Chcel ju ponúknuť za ženu nemeckému Henrichovi, synovi cisára Fridricha II. Preto ju poslal na dvor rakúskeho vojvodu Leopolda, kde sa mala naučiť nemeckú reč a vyberané dvorné spôsoby.

Agnesa bola v Rakúsku šesť rokov. O plánovaného ženícha ju pripravil jej hostiteľ knieža Leopold, ktorý ponúkol cisárovmu synovi Henrichovi svoju dcéru Margitu. Česká princezná sa vrátila domov.

Kráľa Přemysla sa to veľmi dotklo. Podnikol trestnú vojenskú výpravu a vyplienil rakúske pohraničie. R. 1227 sa chystal na druhú výpravu, ale časť vojska sa pripojila ku križiackej výprave (proti moslimom na Blízkom východe), ktorú hlásal mních Konrád. Kráľov hnev sa obrátil proti mníchovi, ktorého zachránil od smrti iba Agnesin príhovor u kráľa. Ona sama už vtedy túžila po Bohu zasvätenom živote a v otcových neúspechoch s jej výdajom videla riadenie Božej prozreteľnosti.

O Agnesu sa zaujímal aj anglický kráľ Henrich III. a po ovdovení tiež nemecký cisár Fridrich II. v rokoch 1228 a 1231. Ale tu už otec na ňu nerobil nátlak, najmä keď vtedajšia politická situácia ho nabádala k obozretnosti.

V roku 1230 zomrel Přemysl Otakar I. Jeho nástupcom sa stal jeho syn Václav I., ktorý si dobre rozumel s Agnesou. V žiadnom prípade nechcel podriadiť životné osudy svojej sestry politickým cieľom. Agnesa už vtedy dosahovala vek dvadsiatich rokov, v ktorom chcela uskutočniť túžbu po rehoľnom živote. Zdalo sa jej to možné, veď mníškou bola aj jedna otcova sestra (tiež Agnesa) a takisto jej nevlastná sestra (z prvého Otakarovho manželstva) Hedviga. Pre každý prípad písala o svojom úmysle pápežovi Gregorovi IX. a ten ho schválil.

Agnesa prezradila pápežovi Gregorovi aj niektoré zakladateľské plány, ktoré postupne uskutočnila s pomocou svojho brata kráľa Václava a matky Konštancie. Tak v r. 1232 založila v Prahe útulok sv. Františka pre chudobných, chorých a pútnikov. Okrem toho vybudovala na brehu rieky Vltavy mužský a ženský františkánsky kláštor.

Ženská rehoľná komunita františkánok, ktoré sa podľa spoluzakladateľky sv. Kláry nazývali klarisky, vznikla v r. 1233, keď prišlo do Prahy päť mníšok zo zahraničia. Ešte v novembri toho istého roku sa k nim pridalo niekoľko dievčat z popredných českých rodín. Ani Agnesa Přemyslovna nechcela dlho čakať. Na Turíce 1234 prijala rehoľný závoj.

Na pamätnej slávnosti sa zúčastnil kráľ Václav s manželkou, pápežský legát a početné duchovenstvo na čele s pražským biskupom. Agnesa odložila kniežací plášť i prepychové šaty a obliekla si drsné hnedé rúcho prepásané hrubým povrazom. Potom vyzula jemné črievičky a obula si drevené sandále. Nato prišla k biskupovi, zohla hlavu a spustila si vlasy. Biskup vzal nožnice a odstrihol princeznine kadere. Tie padali na chrámovú dlažby ako symbol rozhodného zrieknutia sa sveta.

V októbri toho istého roku na žiadosť kráľa Václava a pražskej kapituly pápež prijal Agnesine fundácie, t. j. útulok a kláštor, pod svoju právomoc. Súčasne poveril predstavených saských a českých františkánov, aby uviedli Agnesu do funkcie opátky, čiže predstavenej kláštora. Pritom zmiernil pražským klariskám niektoré rehoľné predpisy, ktoré v chladnejšej strednej Európe bolo ťažšie zachovávať ako v Taliansku.

V odlúčenosti od svetského života sa Agnesa v kláštore venovala modlitbe a skutkom pokánia. No ako opátka musela všeličo vybavovať a udržiavať písomné styky s rehoľnými a cirkevnými predstaviteľmi. Z korešpondencie so sv. Klárou sa zachovali štyri listy zakladateľky klarisiek, v ktorých táto chváli, ale zároveň aj mierni Agnesinu rehoľnú horlivosť. V listoch pápežovi sa Agnesa prihovárala za sprísnenie rehoľných pravidiel podľa pôvodnej reguly sv. Františka. Okrem toho sa zriekla opátskej hodnosti a vlastníctva útulku, ktorý dala vybudovať. Pápež prijal obidve rezignácie, ale nesúhlasil so sprísnením rehoľných predpisov.

Na Agnesin podnet vzniklo pri františkánskom kláštore bratstvo na pomoc opusteným a chorým. Z bratstva sa zakrátko vyvinul rytiersky rád krížovníkov s červenou hviezdou.

Vstupom do rehole klarisiek sa Agnesa zriekla ďalšej účasti na živote kráľovskej rodiny. Avšak tým jej neostali ľahostajné osudy jej najbližších príbuzných. Ľahkomyseľný život jej brata Václava, odboj jeho ctižiadostivého syna Přemysla Otakara II., jeho čudné manželstvo s jej bývalou sokyňou Margitou Rakúskou, ktorá bola o 30 rokov staršia od svojho kráľovského manžela, Přemyslova predčasná smrť vo vojne proti Rudolfovi Habsburskému, 10-ročné poručníctvo Ota Brandenburského spojené s internovaním mladého následníka trónu Václava II., to všetko sa nemohlo nedotýkať Agnesy za kláštornými múrmi. So svojimi nešťastnými príbuznými v duchu trpela, za nich sa modlila, za nich konala tvrdé skutky pokánia.

Agnesa Přemyslovna zomrela vo veku 71 rokov 2. marca 1282. Pochovali ju v kláštornej kaplnke Panny Márie.

Agnesu už za života pokladali za svätú, a to jednak pre hlbokú nábožnosť a skutky pokánia, jednak pre jej starostlivosť o chudobných, trpiacich a väzňov, za ktorých sa neraz prihovárala u svojich kráľovských príbuzných.

Jej úcta pokračovala aj po jej smrti. Ale pre rozličné príčiny Cirkev oficiálne uznala jej kult až v r. 1874, keď ju pápež Pius IX. vyhlásil za blahoslavenú. Napokon pápež Ján Pavol II. vyhlásil Agnesu Přemyslovnu za svätú dňa 12. nov. 1989. Na kanonizačnej slávnosti vo svätopeterskej bazilike sa zúčastnilo okolo 10 000 spolurodákov chudobnej klarisky z kráľovského rodu.

Na žiadosť českých a moravských biskupov Rímska kongregácia pre bohoslužbu dovolila v Čechách a na Morave sláviť liturgickú spomienku sv. Agnesy Českej ako sviatok dňa 13. novembra.