Zo životopisu sv. Kláry vieme, že jej rodina (otec už nežil) bola veľmi pobúrená tým, že táto ušľachtilá deva nasledovala Františka Asiského a zvolila si Bohu zasvätený život, plný chudoby a odriekania.

Avšak nie všetci zavrhli Kláru. Klárina pätnásťročná sestra Katarína, narodená v r. 1197, obdivovala jej radikálnu obetu a rozhodla sa ju nasledovať. Dva týždne po Klárinom odchode z domu v apríli 1212 aj ona potajomky opustila rodný dom a pripojila sa k sestre, ktorá s Františkovou pomocou našla útočište u rehoľných sestier v kláštore S. Angelo di Panso na úpätí vrchu Subasio neďaleko Assisi.

Príbuzní, najmä strýko Monaldo, ktorý vystupoval v mene nebohého otca dievčat, boli vrcholne rozhorčení. Keď sa im predtým nepodarilo prinútiť osemnásťročnú Kláru k návratu domov, tento raz to chceli za každú cenu dosiahnuť s jej mladšou sestrou. Strýko Monaldo vtrhol do kláštora, brutálne zbil Katarínu, ale tá neustúpila. Keď musel strýko bez dievčaťa opustiť kláštor, František odovzdal Kataríne drsné rehoľné rúcho a s ním aj rehoľné meno po mladej rímskej mučeníčke. Odvtedy sa Katarína volala Agnesa.

So súhlasom assiského biskupa František ešte v r. 1212 uviedol Kláru, Agnesu a ich prvé spoločníčky do kláštora pri kostole sv. Damiána pri Assisi. V r. 1220 sa Agnesa stala opátkou kláštora Monticelli vo Florencii, ktorý bol založený rok predtým. Je možné, že Agnesa istý čas žila aj v iných klariských kláštoroch, ktoré vznikali predovšetkým v severnom Taliansku. Isté je, že v auguste 1253 bola znovu v Assisi, kde bola 11. augusta pri smrti svojej sestry Kláry. Zomrela krátko potom, pravdepodobne 27. augusta 1253.

Agnesu pochovali v kláštore sv. Damiána. Po vybudovaní baziliky sv. Kláry v r. 1260, ta preniesli aj Agnesine telesné pozostatky. Uložili ich v kaplnke, ktorá nesie jej meno. Hoci úcta sv. Agnesy Assiskej bola rozšírená už koncom 13. storočia, oficiálne ju uznal až pápež Benedikt XIV. v r. 1752.