Jezuitský páter Rupert Mayer pochádzal z juhonemeckého mesta Stuttgartu, kde sa narodil 23. januára 1876. Jeho rodičia boli uvedomelí kresťania: otec Rupert vynikal spravodlivosťou a dobročinnosťou, kým energická matka Emília sa vzorne starala o rodinu a dlhé roky bola aktivistkou Katolíckej akcie. Zomrela 93-ročná, 20 rokov po smrti manžela a dva roky po smrti syna Ruperta.
Rupert si vykonal stredoškolské štúdiá v rodnom Stuttgarte a v Ravensburgu. Okrem kníh ho zaujímala hudba a šport: hral na husle, jazdil na koni, plával. Keď po matúre oznámil rodičom, že chce byť kňazom, tí súhlasili. Teológiu študoval v rokoch 1893-1898 v Rottenburgu. Kňazom sa stal v máji 1899 vo veku 23 rokov. V októbri toho istého roku vstúpil do jezuitskej rehole. Pred odchodom do noviciátu povedal svojej sestre Hermane: "Novicmajstrovi sa predstavím so slovami: Som ako čistá stránka v zošite; napíšte na ňu, čo chcete!"
Po skončení rehoľnej formácie páter Rupert Mayer pôsobil niekoľko rokov ako ľudový misionár a exercitátor. R. 1912 ho predstavení na žiadosť kardinála Bettingera určili do Mníchova, kde poskytoval duchovné služby emigrantom a študentom, dával duchovné cvičenia, konal prednášky, bol duchovným vodcom tisícov osôb. Spolu s dvoma inými kňazmi založil rehoľné združenie Sestier Sv. rodiny.
Počas prvej svetovej vojny pátra Mayera zaradili na bojisko ako vojenského duchovného. Za hrdinstvo v tejto službe dostal vojenské vyznamenanie. V bojoch bol ťažko ranený, takže mu museli amputovať ľavú nohu.
Po vojne pokračoval v duchovno-sociálnej práci v Mníchove. Venoval sa najmä chudobným a mužom. Mariánska kongregácia mužov, ktorú viedol, mala okolo sedemtisíc členov a pracovala v rozličných druhoch apoštolátu. Horlivý mníchovský apoštol si nedoprial veľa spánku: večery trávil s mužmi, najmä s robotníkmi a v nedele i sviatky slúžieval už o tretej hodine ráno sv. omšu na mníchovskej hlavnej stanici.
V ťažkej situácii Nemecka po prvej svetovej vojne si P. Mayer uvedomoval potrebu radikálnych opatrení. Avšak v Hitlerovom národnom socializme hneď vybadal osudové nebezpečenstvo a vyhlásil, že katolík nemôže byť národným socialistom. Nacisti s nevôľou sledovali jeho účinkovanie a v máji 1937 mu zakázali kázanie. Keď neposlúchol, dvakrát ho na kratší čas uväznili.
Keď v r. 1939 vypukla druhá svetová vojna, pátra Ruperta Mayera odvliekli do koncentračného tábora v Sachsenhausene. V novembri 1939 ho previezli do koncentračného tábora v Oranienburgu. Tam sa mu veľmi zhoršil zdravotný stav. Vychudol tak, že vážil sotva 50 kilogramov. Nacisti však nechceli, aby zomrel ako mučeník, a preto ho izolovali v benediktínskom kláštore Ettal, kde sa dožil konca vojny. Americké vojsko zaujalo Ettal 6. mája 1945.
O päť dní neskôr bol už páter Mayer v Mníchove, kde sa predstavil kardinálovi a svojim spolubratom. Dlho sa modlil v silno poškodenom kostole Panny Márie, kde ďakoval za pomoc v minulosti a prosil o silu a pomoc do budúcnosti. Potom sa v meste, ktoré bolo silno postihnuté vojnou, znovu dal do apoštolskej práce, ktorú musel kedysi zásahom nacistickej moci prerušiť. Teraz však už prekročil 69. rok svojho života a Božia prozreteľnosť rozhodla, že prišiel čas na zavŕšenie pohnutého pozemského života. Páter Rupert Mayer zomrel náhle počas kázne v kostole 1. novembra 1945. Bolo to v zhode s jeho obľúbenou modlitbou: "Pane, ako ty chceš, kedy ty chceš, čokoľvek ty chceš, pretože ty chceš... tak nech sa stane!"
Pochovali ho 4. novembra na jezuitskom cintoríne v Pullachu pri Mníchove. Neskôr preniesli jeho telesné pozostatky do mariánskej svätyne v Mníchove, kde pri jeho hrobe boli takmer stále modliaci sa ľudia a živé kvety.
P. Ruperta Mayera vyhlásil za blahoslaveného pápež Ján Pavol II. 3. mája 1987, a to v Mníchove počas svojej návštevy Nemecka. Jezuitská rehoľa si pripomína liturgickú pamiatku tohto blahoslaveného v deň 3. novembra.